README.md updated.

README.md

 ## build
 
+To use 
+[avx-512 instruction](https://www.intel.com/content/www/us/en/docs/intrinsics-guide/index.html#text=_mm512_popcnt_epi64),
+for pop-count, compile with
+
 ```bash
-cc bwt.c data.c tpool.c popcount.c main.c -o bwt -march=native -O3
+cmake -DPOP_COUNT=AVX512
 ```
 
-It's using an avx-512
-[instruction](https://www.intel.com/content/www/us/en/docs/intrinsics-guide/index.html#text=_mm512_popcnt_epi64),
-so it might not be supported by your cpu.  
-lscpu should contain `avx512_vpopcntdq`.
+It might not be supported by your cpu.  
+lscpu should contain `avx512_vpopcntdq`, but this only mean it compiles correctly, it can still not work properly.
+
+If avx-512 instructions are not supported, you can instead use avx instructions:
+
+```bash
+cmake -DPOP_COUNT=AVX
+```
 
-Falls avx-512 Instruktionen nicht unterstützt werden, kann `popcount_basic.c` verwendet werden.
-Dies benötigt nur avx Instruktionen
+If avx is not supported at all, you can use
 
 ```bash
-cc bwt.c data.c tpool.c popcount_basic.c main.c -o bwt -mavx -O3
+cmake -DPOP_COUNT=BASIC
 ```
 
-Falls avx überhaupt nicht unterstützt werden gibt es noch folgende Möglichkeit.
+The default is 
 
 ```bash
-cc bwt.c data.c tpool.c values.c main.c -o bwt -O3
+cmake -DPOP_COUNT=DETECT
 ```
 
+which tries to detect the best option for your system based on the available compile options.
+The fastest option is AVX512 followed by AVX.
+
 ## run
 
 ```bash
-./bwt[.exe] FILENAME [LAYERS]
+./IBB-cli [-i <input_file>] [-o <output_file>] [-t <temp_dir>] [-k <layers>] [-p <processor_count>]
 ```
 
+Layers affects the amount of RAM used. Higher Layers in the implementation use more RAM.
+
+Defaults
+* layers k: 5
+* processors p: 1
+* temp_dir t: directory where output_file o is.
+
+In the temporary directory t, $2 * 2^{Layers-1}$ files will be generated.
+
 # Benötigte Strukturen
 
 ## Datei
@@ -48,9 +67,4 @@ Allgemein:
 ```
 
 Kommentarzeilen beginnen mit einem > und enden mit dem Zeilenumbruch  
-Datenzeilen enthalten nur A, C, G oder T und enden mit einem Zeilenumbruch
-
-## Filesystem
-
-Das Programm erzeugt einen `tmp`-dir im Ausführungsverzeichnis. In diesen werden die $2 * 2^{Layers-1}$ Temp-Dateien
-erstellt und genutzt.
\ No newline at end of file
+Datenzeilen enthalten nur A, C, G oder T und enden mit einem Zeilenumbruch
\ No newline at end of file